Kemudian Gatot menduduki posisi Karolemtala Srena Polri pada 2014, Wakapolda Sulsel pada 2016, Staf Ahli Sosial Ekonomi (Sahlisosek) Kapolri pada 2017, dan terakhir menjabat sebagai Asisten Perencanaan dan Anggaran (Asrena) Kapolri.
Pada 2018, Gatot juga dipercaya menjadi Ketua Satgas Nusantara. Satgas tersebut dibentuk agar Pilkada Serentak 2018 bisa berjalan aman.
Baca juga: Profil Singkat 5 Orang Dewan Pengawas KPK Pilihan Jokowi, Salah Satunya Pernah Menolak Revisi UU KPK
Nama Gatot pun sempat mencuat setelah berhasil mengamankan Jakarta saat pelaksanaan Pilpres, hingga sidang gugatan sengketa Pilpres di Mahkamah Konstitusi.
Ketika didapuk menjadi Kepala Polisi Jakarta, Gatot melakukan penanganan sejumlah gelombang demonstrasi, mulai yang terkait Pilpres hingga penolakan Rancangan Undang-Undang (RUU) KUHP dan pelemahan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK).
Gatot dirotasi menjadi Kepala Polisi Jakarta berdasarkan Surat Telegram Nomor ST/188/IKEP/2019 tertanggal 22 Januari 2019. Pada 20 Desember 2019, Gatot diangkat menjadi Wakapolri berdasarkan Telegram Rahasia bernomor ST/330/XII/KEP/2019.