Suatu waktu ada pertemuan di kediaman pribadi Presiden Soeharto, di Jalan Cendana, Jakarta Pusat, yang dihadiri sejumlah pejabat tinggi negara. Dalam pertemuan itu, Mendagri Jenderal Amir Mahmud mengatakan dengan semakin populernya Jusuf, diduga akan ada ambisi-ambisi tertentu.
“Tiba-tiba Jenderal Jusuf menggebrak meja dengan tangannya. Dengan suara lantang, dia berkata; Bohong! Itu tidak benar semua, saya ini diminta untuk menjadi Menhankam/Pangab karena perintah Bapak Presiden. Saya ini orang Bugis, jadi saya tak tahu arti kata kemanggulangan yang bahasa Jawa itu. Tapi saya melaksanakan perintah itu sebaik-baiknya tanpa tujuan apa-apa'”, tulis Salim Said.
Gebrakan meja Jusuf mengejutkan semua yang hadir. Kemudian Soeharto langsung membubarkan pertemuan yang baru beberapa menit berlangsung di kediaman pribadinya itu.
Sejak itu, disebut hubungan Jusuf dengan Soeharto mulai dingin. Jusuf pun jarang mengikuti sidang Kabinet yang dipimpin Soeharto di Bina Graha.
Keponakan Jenderal Muhammad Jusuf, Andi Analta Amier, mengungkapkan ada tiga filosofi hidup dan cara kerja pamannya. Filosofi tersebut adalah hidup itu dimulai dari lempu (kejujuran), warani (berani), dan taro ada taro gau atau getteng (amanah).
Andi Analta sendiri merupakan kakak angkat Ahok. Ia menyatakan Ahok sangat terinspirasi dengan kejujuran dan keberanian Jenderal Jusuf.