Kemudian pada 29 Agustus 1946, John Lie ditugaskan di Pelabuhan Cilacap. Ia menaiki kapal ML 336 yang membawa senjata dan amunisi, dengan tujuan Labuan Bilik, Sumatera Timur.
Baca juga : (Cek Hoaks atau Fakta) BEM SI Bakal Gelar Demo Pemakzulan Jokowi
Tugas pertama John Lie di ALRI yakni menembus blokade Belanda. Setelah itu, John Lie dikenal sebagai penembus blokade Belanda, serta mahir menyelundupkan senjata dengan kapal The Outlaw.
Sebelum pensiun pada 1967, pangkat tertinggi John Lie adalah Laksamana Muda. Di tahun yang sama pula, John Lie mengganti nama menjadi Jahja Daniel Dharma. Sebab ketika itu, etnis Tionghoa diharuskan mengganti nama dengan menghilangkan unsur China, melalui Surat Edaran No.06/Preskab/6/67 tahun 1967.
Laksamana Muda John Lie pun menutup mata pada Agustus 1988.
Baca juga : Mobil Esemka Andalan Jokowi Akhirnya Diborong Prabowo Jadi Mobil Kemenhan
Usai dua dekade setelah wafat, jasa-jasanya baru diakui oleh Pemerintah. Pada 9 November 2009, Presiden Soesilo Bambang Yudhoyono (SBY) menganugerahkan gelar Pahlawan Nasional kepada John Lie.